Jacob Portman, 16 ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Le jeune Abe Portman y a été recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un orphelinat pour enfants « particuliers ». Selon ses dires, Abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des « Monstres ».Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux. Bouleversé, Jacob part en quête de vérité sur l'île si chère à son grand-père. En découvrant le pensionnat en ruines, il n’a plus aucun doute : les enfants particuliers ont réellement existé. Mais étaient-ils dangereux ? Pourquoi vivaient-ils ainsi reclus, cachés de tous ? Et s'ils étaient toujours en vie, aussi étrange que cela puisse paraître… 

L'avenir de Jacob semble déjà tout tracé : une vie confortable et paisible, sans histoires. Du moins jusqu'à ce que son grand-père Abe, dont il est particulièrement proche, soit assassiné dans des circonstances atroces. Pour son malheur, Jacob a eu le temps d'entrevoir le meurtrier, une créature de cauchemar... Et si le vieil homme, dont tout le monde pensait qu'il divaguait, avait dit vrai ? Et si l'île peuplée d'enfants particuliers sur laquelle il disait s'être mis à l'abri pendant la guerre existait vraiment ? Et si des monstres vivaient vraiment cachés au milieu des humains ?